hola , ton séjour me paraît sympa, bien que court à mon sens ^^ Il ne faut pas oublier que la Colombie c’est 1.141.000 km² , qu’on s’y déplace plus lentement (sauf en avion) et que la biodiversité est telle qu’il faudrait des semaines pour tout voir.
Pour Turbo et le golfe d’Uraba je te le déconseille fortement. C’est prendre un risque inconsidéré pour un truc que tu peux voir autre part en Colombie.
Pour ce qui est de Bogota la nuit, j’ai envie de te dire que ça dépend. La Candelaria , le quartier historique, est à aller voir en journée mais à éviter le soir. Après ça dépend où.
Les quartiers les plus dangereux sont Bosa central (Bosa), Bosa occidental (Bosa), Corabastos (Kennedy), Diana Turbay (Rafael Uribe), El porvenir (Bosa), Suba Rincón (Suba), Ismael Perdomo (Ciudad Bolívar), Jerusalén (Ciudad Bolívar), La Sabana (Mártires), Las cruces (Santa Fe), Lucero (Ciudad Bolívar), Patio bonito (Kennedy), Tibabuyes (Suba), Los libertadores (San Cristóbal), La flora (Usme), El tesoro (Ciudad Bolívar), Danubio (Usme), Arborizadora (Ciudad Bolívar) et Verbenal (Usaquén).
Du reste la ville s’est considérablement améliorée (les chiffres sont aux plus bas depuis 30 ans). Je sors régulièrement le soir et je n’ai pas eu de soucis particuliers.
Pour ton séjour je te conseillerais 3 jours à Bogota et les alentours. Aller voir par exemple la lagune de Guatavita (à 60 kms de Bogota). On considère que c’est l’origine du mythe de l’Eldorado :). Après à Bogota y’a des tas de musées , parcs , cafés , boîtes etc… tu vas pas t’ennuyer lol 
Après j’irais vers el eje cafetero (Quindio) pour 1 ou 2 jours car le café est un emblème international et tu y verras les palmiers de cire de plusieurs dizaines de mètres de hauteur. Cette région est magique ^^
Ensuite je metterais 1 ou 2 jours à Medellin.
Et enfin le reste sur la côte nord, la mer des caraïbes. Cartagena c’est blindé de touriste mais très joli. Barranquilla et Santa Marta sont 2 villes types caribéennes (Miami etc…).
Je te conseille vraiment de faire Barranquilla - Santa Marta sur la route 90, qui longe toute la baie sur 100 kms environ et qui contourne le marais (cienaga de Santa Marta) zone protégée. A des endroits on devine le pic Colomb , plus haut sommet de Colombie qui est a quelques dizaines de kilomètres de la côte.
Donc ton séjour bien , mais ça va être rapide et donc t’auras peu de repos