Bonjour,
tout d’abord je vous conseille d’aller lire le forum Vietnam, ainsi que le forum voyage en famille, car une discussion récente y parle de la Baie d’Halong avec des enfants.
Ensuite je vous conseille de lire mon excellent blog (je plaisante 
: www.lepourquoipas5.wordpress.com
nous avons fait un voyage de 5 semaines au Vietnam en mai 2017 avec nos enfants 5 et 10 ans, nous y avons détaillé les étapes ainsi que les infos pratiques.
Après, pour répondre plus précisément mais rapidement :
1/ pour un rythme adapté à la famille, votre itinéraire de base comporte à mon sens déjà une étape de trop. Alors vouloir rajouter Sapa… ça fait beaucoup, beaucoup trop !
Les déplacements sont lents au Vietnam, les imprévus toujours possibles. Les enfants peuvent souffrir de la chaleur et de l’humidité (= fatigue plus vite). Il faut tenir compte de leur rythme. En plus ils auront le décalage horaire à encaisser, le changement de nourriture, d’habitudes. Par exemple, notre petite de 5 ans a souffert du bruit, omniprésent (que ce soit en ville avec les klaxons, ou à la campagne/forêt/montagne avec les cigales). On a passé beaucoup de temps à faire la sieste, l’après-midi, aux heures les plus chaudes.
D’autre part, nous ne sommes pas allés à Sapa, car des amis nous ont dit qu’on y était harcelés par des vendeurs en tout genre. Ils y ont aimé les randos, mais si vous n’y allez que pour les rizières, vous resterez dans les zones de vendeurs harcelants. N’oubliez pas qu’avec des enfants, vous serez une cible privilégiez des vendeurs. Dans les coins archi touristiques de Hanoi, Tam Coc et Hoi An, on en a même eu qui mettaient des babioles dans les mains de nos enfants pour nous forcer à les acheter ! Insupportable !
Je vous déconseille donc Sapa. Si vous voulez découvrir les montagnes, il y a d’autres endroits. Mais avec votre programme chargé, je ne pense pas que ce soit possible (soit les îles du sud, soit la montagne).
2/ une fois dans le sud, vous repartez directement en avion de Saigon, ou de Hanoi ? Faut-il prévoir dans votre itinéraire de 18 jours une liaison pour retourner à Hanoi ? Auquel cas, prévoyez 2 jours (1 jour avion + sécurité on sait jamais…).
3/ La Baie d’Halong proprement dite est très polluée. Nous sommes allés dans celle de Bai Tu Long, plus éloignée, mais plus propre. Les touristes avec lesquels on était nous ont dit qu’ils n’ont pas osé se baigner dans celle d’Halong à cause des plastiques partout, mais ils se sont baignés avec nous dans celle de Bai Tu Long. Cf. mon post de réponse sur le forum “voyage en famille”. cf. également mon blog, je donne tous les renseignements - on avait pris une agence pour 3 jours dans la baie de Bai Tu Long, Ethnic Travel, très très bien.
4/ pour la baie de bai tu long, je pense que prendre une agence vous évitera beaucoup de temsp perdu dans les transports en commun, et ne reviendra pas forcément plus cher.
5/ tout le reste de votre voyage vous pouvez organiser seuls sans soucis.
6/ Hué mérite de s’y attarder : on y avait par exemple passer une journée dans la forêt avec un guide (cf notre blog page Hué). très instructif, nombreuses plantes médicinales, orchidées, vanille, oiseaux, tunnels de la guerre et chauve-souris.
Il y a aussi une plage sympa, quoique les vagues sont un peu fortes pour des jeunes enfants. Les tailleurs de vêtements y sont moins chers qu’à Hoi An. La Cité Pourpre Interdite vaut le voyage (à moins que vous connaissiez déjà la Cité Interdite de Pékin)
Pour aller à Hué, le train de nuit entre Hanoi et Hué est une bonne expérience avec vos enfants !
7/ Hoi An nous a beaucoup décus. C’est devenu disneyland, plus rien d’authentique, on y a été harcelé par les vendeurs, et tout y est très cher. A moins de loger vers l’extérieur de la ville (cf. notre blog). Mais vu que vous n’avez que 18 jours, vous pouvez sauté cette étape, et conserver Hué.
8/ pour le delta du mékong et les îles du sud, on n’y est pas allés, donc pas de conseils particuliers.
9/ à Hanoi le musée ethnographique est incontournable avec les enfants (ils y font aussi les fameux spectacles de marionnettes sur l’eau, moins cher qu’ailleurs - notre fille de 5 ans a adoré, même si elle n’a rien compris). Les notres ont adoré la rue où il y a des rails et le train qui passe entre les maisons. Ils ont beaucoup aimé le petit lac avec le B52 américain tombé dedans, ainsi que les ruelles autour.
Y rester 2-3 jours vaut le coup, en particulier en début de séjour pour s’acclimater (chaleur) et se remettre du décalage horaire.
10/ pour les baguettes, il existe des modèles qu’on trouve en France sur internet ou à Paris, pour les initier à manger avec. Elles sont en plastique, donc on les lavait après chaque repas au resto avec une petite noisette de GHA (gel hydroalcoolique, en vente en pharmacie ou parapharmcie, indispensable). La plupart des restos n’ont en effet que des baguettes, pas de fourchettes !
Exemples : https://www.google.com/search?client=firefox-b-d&q=baguettes+d%27apprentissage
Voilà pour les grandes lignes.
N’hésitez pas si vous avez d’autres questions.
YiLian