Bonjour Sylvie,
Votre projet n’est pas très cohérent et nécessite d’être repensé.
Si vous envisagez d’aller voir une comédie musicale ne le faites pas le lendemain de votre arrivée.
Vous n’en profiterez pas parce que vous serez HS.
Levés très tôt à cause du décalage horaire vous gagnerez à ne pas trainer le soir.
N’oubliez pas que la veille vous aurez très peu dormi.
Vous pouvez avoir sur place des billets à prix réduits en les achetant aux guichets TKTS ou avant de partir en passant par ce site dont j’avais mis les coordonnées il y a peu.
Si votre journée se structure dans le Lower Manhattan au retour des deux îles, alors incluez Wall St que vous avez mis en J6.
Je ne sais pas ce qu’est l’Empire au 230.
Si vous voulez allez sur un rooftop bar c’est effectivement au 230 Fifth que vous pourriez aller même s’il y a de nombreuses autres possibilités.
Avoir l’adresse de votre hébergement serait une aide supplémentaire pour vous guider.
On n’a aucun avantage à faire le TOR deux fois dans la journée.
Le TOR doit être fait le jour ou au plus tard au sunset.
La nuit l’intérêt est bien moindre.
La nuit, il faut monter à l’ESB.
Je ne vois pas ce que vous attendez d’une visite de Central Park à vos dates.
La végétation sera encore verte, donc rien à voir avec les couleurs chatoyantes plus tardives (novembre).
Le belvédère Castle est fermé. Là aussi j’ai déjà fait l’annonce.
Le J5 est incompréhensible.
Vous mélangez tout.
Vous citez la NYPL qui se trouve à hauteur de la 42nd St à Manhattan.
Même à vélo, je n’imagine pas que vous fassiez la liaison pont de Brooklyn, Prospect Park / Flushing dans Queens pour découvrir le grand Chinatown et enchainer avec un secteur sud de Brooklyn où se trouve Coney Island.
Regardez un plan et vous comprendrez l’absurde de cette planification.
Le J6 est déstructuré.
Midtown ne se limite pas à Grand Central.
A lui seul ce secteur prend beaucoup de temps.
Il n’y a pas de cohérence pour le reste ou alors vous ne ferez pas tout.
La Highline peut se faire depuis Midtown à hauteur de la 34th St en descendant sur Chelsea Meatpacking.
De là, vous pouvez passer par West Village / Greenwich Village pour descendre sur Soho. Rejoindre Little Italy qui n’a aucun intérêt, ou presque, hors street art, fait encore pas mal marcher.
Bref! Vous avez mis deux jours en un.
La croisière de nuit impose que vous soyez à 18 h 15 au Pier 83 au bout de la 42nd St.
Le J7, oubliez Times square que vous aurez déjà vu et qui n’a pas d’autre intérêt que celui d’avoir été vu une fois le jour, une fois la nuit.
Ensuite, on évite! 
La question du transfert en shuttle est très simple à régler.
Vous pouvez le faire en ligne avant de partir ou tout simplement le faire à l’arrivée à l’aéroport en vous présentant au comptoir des shuttles.
De toutes façons que vous ayez anticipé en ayant payé en € ou que vous vous décidiez au dernier moment, la démarche sur place est la même.
Vous devez vous faire enregistrer au comptoir des navettes.
Si vous vous décidez une fois arrivés, vous paierez votre place au chauffeur de la navette.
C’est tout.
Dans un cas comme dans l’autre, le pourboire de 5$ pour deux passagers est dû.
Au retour, si vous n’avez pas réservé depuis la France, vous pourrez demander au concierge de votre hôtel de s’en charger.
Il sera aussi temps de voir si prendre le métro n’est pas plus pratique.
Demander l’adresse d’un restaurant à Brooklyn qui soit typique ne peut avoir aucune réponse.
Brooklyn, c’est 21/2 fois la taille de Manhattan.
Donc, où à Brooklyn, quel prix par personne, quel type de cuisine, quelle ambiance, avec ou sans vue , etc…
Quant aux visites de NY en bus, toutes les compagnies se valent : Big Bus ou Sightseeing.
Je vous invite donc à remonter la totalité de votre planning qui n’est pas cohérent, de me le soumettre à nouveau pour avis afin d’optimiser votre séjour sur place.