Aide demandée et aide indispensable.
Il y a parfois de quoi faire une vraie salade de fruits ! 
La question de savoir s’il vaut mieux prendre le ferry gratuit qui va à Staten Island ou visiter les deux îles, avec le choix qui découlerait de la réponse va avoir une influence sur le temps disponible pour le reste de la journée.
En prenant le ferry gratuit, vous passez au large de Liberty Island, n’en faites aucunement le tour, et c’est tout.
Dans ce cas-là, imaginant que vous ferez un AR rapide, vous n’aurez engagé qu’une heure de votre matinée.
Il restera la possibilité, en restant sur le Lower Manhattan de coupler le site du 9/11 avec The Battery et Battery Park City et d’associer le Financial District et le Civic Center.
Vous pourriez même faire votre tour en hélico si vous différez une ou deux visites.
Si vous prenez le ferry payant qui dessert les deux îles, celle de la statue et celle du musée de l’immigration, alors, c’est la matinée complète, jusqu’à 13 h qu’il faut engager.
Dans ce cas, le choix des visites à suivre est plus restreint mais rien ne vous empêchera de faire votre tour en hélicoptère l’après-midi.
Le J2 sera fonction des choix faits le J1.
Le J3 est fouillis! 
Je reprends votre liste et la mets dans un ordre de circulation logique :
ESB
Penn Station (pour aller aux toilettes ? , :-D)
High Line du nord au sud
Chelsea Market
West Village - Greenwich Village
Washington Square Park
Astor Place
Union Square
Flatiron avec le Madison Square Park
Harbor Lights.
Si vous prenez le temps de faire correctement ces secteurs, la journée est intenable.
Si vous filez en ligne droite, malgré la chaleur potentielle, c’est faisable.
Le J4, si vous voulez être au MOMA à 16 h, il ne va pas falloir trainer à l’Intrepid.
A votre place, je m’arrangerais pour en faire moins la veille, fixeraits le programme de la veille un vendredi ce qui permettrait d’aller au MOMA dans les temps.
Je dis bien en faire moins la veille.
Le programme associé à l’Intrepid serait à concevoir en semaine, un autre jour que le vendredi, et pourrait enchainer : Intrepid et croisière de la Harbor Lights qui se trouvent l’un à côté de l’autre.
Ce qui n’aurait pu être fait le “nouveau vendredi” trouvera (ou pas) sa place autrement.
J5 Pierre Bellemare vous manque-t-il déjà tant pour que le Museum d’histoires naturelles devienne le musée des histoires extraordinaires ! :-D???
Là aussi, il va falloir “jouer” serré si vous voulez combiner l’AMNH avec le 230 Fifth considérant que l’heure à laquelle vous pourriez vous y présenter sera déjà tellement avancée qu’il risque de ne plus y avoir de place.
L’AMNH ouvre à 10 h et il faudra pas moins de 3 h de visite.
Rajoutez le temps de transport pour rejoindre le 230 Fifth et vous évaluez le risque.
Ensuite retour sur le Guggenheim ??? (Pas très logique).
La gratuité ne justifie pas tout.
Columbus Circle aurait largement pu être vu en renonçant au tram du matin qui est un peu “hors cadre”.
Vous partiriez de cette adresse (Columbus Circle) et pourriez remonter sur l’AMNH soit via Cantral Park, soit via l’UWS.
Il me semble alors, qu’en renonçant au Brunch du 230 Fifth qui trouverait plus logiquement sa place le lendemain après le Gospel, puisque vous pourriez y être plus tôt.
Si vous renoncez au brunch le samedi, alors, en sortant de l’AMNH, profitez du parc et allez au Guggenheim (gratuit). Terminez par le tram (ou pas).
Le dimanche : En suivant la logique de mes conseils,
Harlem (gospel)
Brunch 230th
Suite des visites manquées le J3.
Si vous le pouvez, à partir d’Astor Place, passez par Saint Marks Place et descendez découvrir l’East Village et les jardins communautaires de Loisaida, au frais.
Dinez à Times square où n’importe où ailleurs parce que pour la majorité des adresses de TS, ce sont des pièges à touristes, avec peu d’intérêt.
